Le CEN Franche-Comté met en œuvre depuis près de 25 ans une politique de préservation de la biodiversité régionale. Il intervient ainsi sur un réseau de sites naturels autour de quatre missions principales : connaître, protéger, gérer, valoriser. S’impliquant dans l’animation territoriale, il accompagne également les politiques publiques en faveur de la biodiversité.

Afin de mener une politique de préservation des milieux naturels de Franche-Comté plus efficace, le milieu associatif décida de créer, en 1991, le Conservatoire d’espaces naturels de Franche-Comté (anciennement Espace Naturel Comtois), suivant en cela l’exemple de nombreuses régions françaises. Il existe aujourd’hui en France 29 conservatoires, dont 21 régionaux, pour près de 750 salariés et près de 12 000 adhérents et bénévoles, regroupés dans la fédération des Conservatoires d’espaces naturels. Ils gèrent 2 900 sites couvrant 147 000 ha.